জঙ্গি সন্দেহে বা এধরণের তৎপরতায় জড়িত থাকার অপরাধে যারা কারাগারগুলোতে বন্দী রয়েছে - তাদেরকে অন্য বন্দীদের থেকে আলাদা রাখার চেষ্টা হচ্ছে। কারা মহাপরিদর্শক ব্রি. জেনারেল সৈয়দ ইফতেখারুজ্জামান জানিয়েছেন, জঙ্গি তৎপরতার সাথে সরাসরি যুক্ত বা সন্দেহভাজন এমন প্রায় ৬০০ জন লোক এখন কারাগারে বন্দী আছে। তারা এটা নিশ্চিত করার চেষ্টা করছেন যাতে সাধারণ কয়েদিদের সাথে তাদের কোনো যোগাযোগ যাতে না হয়, এবং তারা তাদেরকে 'র‍্যাডিক্যালাইজ' বা উগ্রপন্থায় দীক্ষিত করতে না পারে। শাকিল আনোয়ারকে দেয়া এক সাক্ষাৎকারে তিনি বলেন, এমনকি কারাগারে যে রক্ষী বা কর্মচারীরা এই বন্দীদের দেখাশোনা করে তাদেরকেও এক জায়গায় বেশি দিনের জন্য ডিউটি দেয়া হচ্ছে না। এসব জঙ্গিদের সাথে যাতে কারাগারের ভেতরে অন্যরা খুব বেশি সংস্পর্শে আসতে না পারে এবং জঙ্গিরা যাতে তাদেরকে নিজেদের ভাবাদর্শে প্রভাবিত না করতে পারে - সে জন্যই তাদের বিচ্ছিন্ন রাখা হচ্ছে। একই সাথে একটি জঙ্গি সংগঠনের সাথে জড়িত কয়েদিদেরও একই ধরণের অন্য সংগঠনের কয়েদিদের থেকে পৃথক রাখা হচ্ছে, যাতে তারা কারাগারের ভেতরে বসে নিজেদের মধ্যে নেটওয়ার্ক তৈরি না করতে পারে। কারা মহাপরিদর্শক ব্রিগেডিয়ার জেনারেল ইফতেখারুজ্জামান বলছেন, এ ধরণের বন্দীদেরকে কারাগারের 'হাই-সিকিউরিটি অংশে' রাখা হয় এবং সেখানে তাদের গাদাগাদি করে রাখার প্রয়োজন হয় না। এই বন্দীদের 'ডি-র‍্যাডিক্যালাইজ' বা জঙ্গিবাদের পথ থেকে ফিরিয়ে আনার কোন চেষ্টা হচ্ছে কি? এ প্রশ্নের জবাবে তিনি বলেন, এ ধরণের একটি কর্মসূচি এখন পরিকল্পনা পর্যায়ে রয়েছে।